Die Organe der Berlin Hyp bilden die jährliche stattfindende Hauptversammlung, der Vorstand und der Aufsichtsrat.

Der Vorstand der Berlin Hyp besteht aus drei Vorständen, dem Aufsichtsrat gehören insgesamt neun Mitglieder an.

Der Aufsichtsrat bildet zwei Ausschüsse: den Kreditausschuss und den Prüfungs- und Strategieausschuss.